Mnohí opoziční politici a médiá pripisovali strane Smer-SD zodpovednosť za to, že na Slovensku zavraždili novinára. Nehovorili však – a už vôbec nie „všetci“ –, že Smer bol objednávateľom vraždy. Strane vyčítali prepojenia jej predstaviteľov na Mariána Kočnera, vytvorenie prostredia mafiánskeho štátu, ako aj nečinnosť polície – ktorá spadala pod ministra vnútra Roberta Kaliňáka a riadil ju jeho nominant – pri ochrane Jána Kuciaka. Robert Kaliňák v tvrdení preháňa, preto ho hodnotíme ako zavádzajúce. 

Po vražde sa ako najpravdepodobnejší motív ukázala Kuciakova práca investigatívneho novinára. Opozičná politička a poslankyňa za stranu SaS, Lucia Ďuriš Nicholsonová, deň po zverejnení vraždy poukázala na fakt, že motívom mohol byť Kuciakov posledný článok o možnom napojení talianskej mafie na Smer.

Predseda opozičného OĽaNO spojil v ten istý deň Roberta Fica s Kuciakom a Kušnírovou, tak ako je podľa neho spätý Mečiar s vraždou Remiáša. Poslankyňa za OĽaNO Veronika Remišová zároveň vraždu označila za následok útokov vládnych politikov (Smer-SSD, SNS, Most-Híd) na novinárov a ich dehonestáciu. 

Viaceré opozičné politické strany, vrátane KDH, vyzvali vtedajšieho ministra vnútra Roberta Kaliňáka či premiéra Roberta Fica na vyvodenie politickej zodpovednosti, ktorú mali údajne niesť za to, že vražde nezabránili. Róbert Kaliňák, ktorý bol v tom čase ministrom vnútra a bol preto nepriamo zodpovedný za nekonanie polície, sa na margo Kočnerových vyhrážok Kuciakovi vyjadril nasledovne: „Ktoré vyhrážky máte na mysli? Ja mám z toho vyjadrenia skôr pocit, že sa chce zaradiť ako ďalší novinár do vášho denníka. To je to, čo vy robíte, hľadanie špiny.“

Počas nasledujúcich mesiacov a rokov sa k téme politici opakovane vyjadrovali. V októbri 2018 poslanec Galko (SaS) obvinil Smer-SSD zo zodpovednosti za všetko, čo sa v tomto prípade udialo, keďže bol Marián Kočner, ktorý sa už vtedy považoval za pravdepodobného objednávateľa, „prerastený pupočnou šnúrou so stranou Smer.“

V januári 2020 prezident Kiska (Za ľudí) pripísal plnú zodpovednosť za vraždu Robertovi Ficovi a strane Smer-SSD. Igor Matovič ako predseda OĽaNO na výročie vraždy v roku 2022 pri odhalení pamätníka na Námestí SNP v Bratislave označil Fica Pellegriniho za zodpovedných za systém, ktorý umožnil vraždu Jána a Martiny.

Zmena vlády v roku 2018 nastala pre demisiu premiéra Roberta Fica. S demisiou predsedu vlády padá podľa Ústavy (čl. 116) celá vláda s ním. Nová koaličná vláda Petra Pellegriniho pokračovala v rovnakom straníckom zložení ale s viacerými personálnymi obmenami.

Robert Fico podal demisiu v atmosfére, kedy jeho koaličný partner Most-Híd aj pod tlakom verejnosti, ktorá volala po vyvodení politickej zodpovednosti a nových voľbách na protestoch „Za slušné Slovensko,“ chcel najprv rekonštrukciu vlády, ale neskôr požadoval predčasné voľby, alebo pohrozil vystúpením z koalície.

Prezident Kiska taktiež tlačil na rekonštrukciu vlády alebo nové voľby. Nakoniec však predseda Mostu-Híd Béla Bugár netrval ani na jednom, a to práve po demisii Roberta Fica, ktorá bola podľa strany novou situáciou. Okrem vyvodenia politickej zodpovednosti bolo najmä u členov strany Most-Híd ako smerodajné pre ich požiadavky, že Fico začal konšpirácie o spiknutí proti vláde medzi Sorošom a Kiskom.