Špeciálna prokuratúra dohliadala nad ochranou finančných záujmov a slúžila ako spojovací orgán s príslušnými inštitúciami EÚ. V marci 2024 špeciálna prokuratúra zanikla kvôli vládnej novele Trestného zákona. Ani jedna zo strán vládnej koalície, teda Smer-SD, Hlas-SD a SNS, vo svojom volebnom programe nenavrhovala zrušenie Úradu špeciálnej prokuratúry.

V rámci členstva v Európskej únii Slovensko zodpovedá za ochranu finančných záujmov EÚ. Táto oblasť patrí podľa Trestného poriadku  do pôsobnosti špecializovaného súdu, ktorý má právomoc konať pri trestných činoch poškodzovania finančných záujmov EÚ. Na ochrane finančných záujmov sa podieľal aj Úrad špeciálnej prokuratúry (pdf., str. 4), ktorý zároveň poskytoval súčinnosť Európskemu úradu pre boj proti podvodom (OLAF) či Európskej prokuratúre (EPPO).

V Pláne obnovy a odolnosti, nástroji na ozdravenie európskych hospodárstiev po pandémii covidu-19, sa Slovensko zaviazalo, že Úrad špeciálnej prokuratúry bude zameraný aj na trestné činy poškodzujúce finančné záujmy EÚ, ktoré by mohli súvisieť s jeho implementáciou (pdf., str. 772). Špeciálna prokuratúra ku 20. marcu 2024 zanikla kvôli vládnej novele Trestného zákona. Jej prokurátori boli zaradení na jednotlivé oddelenia Generálnej prokuratúry SR a spisy postúpili na krajské prokuratúry.

Na problémy s ochranou finančných záujmov EÚ upozornila v decembri 2023 predsedníčka Európskej prokuratúry Laura Kövesiová, podľa ktorej mohli zmeny v Trestnom zákone viesť k porušeniu zásad právneho štátu, čo viedlo k pochybnostiam pri dodržiavaní lojálnej spolupráce Slovenska s EPPO. Zároveň by zrušenie špeciálnej prokuratúry minimalizovalo schopnosť EPPO odhaľovať podvody poškodzujúce finančné záujmy EÚ.